硝化床栽种法：养殖水体与种植系统分离，两者之间通过砾石硝化滤床设计连接，养殖排放的废水先经由硝化滤床（或槽）的过滤，硝化床上通常可以栽培一些生物量较大的瓜果植物，以加快有机滤物的分解硝化。经由硝化床过滤而相对清洁的水再循环入水培蔬菜或雾培蔬菜生产系统作为营养液，用水循环或喷雾的方式供给蔬菜根系吸收，经由蔬菜吸收后又再次返回养殖池，以形成闭路循环。这种模式可用于---生产，系统稳定。
基质栽培法：养殖水体直接与基质培的灌溉系统连接，养殖区排放的废液直接以滴灌的方式循环至基质槽或者栽培容器，经由栽培基质过滤后，又把废水收集返回养殖水体，这种模式设计更为简单，用灌溉管直接连接种植槽或容器形成循环即可。大多用于瓜果等较为高大植物的基质栽培，需注意的地方是，鱼菜共生设备，栽培基质必须选质如豌豆状大小的砾石或者陶粒，这些基质滤化效果好，不会出现过滤超载而影响水循环，不宜用普通无土栽培的珍珠岩、蛭石或废菌糠基质，这些基质因排水不好而容易导致系统的生态平衡破坏。
种植浮床制作及成本生产上常见的浮床类型有pvc管浮床、泡沫板浮床、塑料浮岛浮床和竹子浮床等，其中以pvc管浮床应用广。pvc种植浮床用pvc胶将pvc管和直角弯头粘接密封，制成长方形框架，框架上层和下层包聚乙烯网片，浮床底部下挂网纱，用以保护水培蔬菜根系。pvc管浮床的规格不宜过大，避免搬挪困难，生产上常见的浮床规格长2m×宽1m或长1.5m×宽0.8m。
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