在鱼菜共生系统中，菜的种植就是采用就是水培、雾培以及基质培，在这里的基质培只能选用岩棉基质。对于水培与雾培来讲，它营养成分主要是来源养殖中鱼的粪便进行一系列的发酵，形成作物生长需要的肥料。这个与传统的无土栽培基本类似，经过植物吸收后，还会流入到养殖区域，不过经过种植设施的水需要经过过滤处理，才能再次流入到养殖区域中。
基质栽培法：养殖水体直接与基质培的灌溉系统连接，鱼菜共生技术，养殖区排放的废液直接以滴灌的方式循环至基质槽或者栽培容器，经由栽培基质过滤后，又把废水收集返回养殖水体，这种模式设计更为简单，用灌溉管直接连接种植槽或容器形成循环即可。大多用于瓜果等较为高大植物的基质栽培，需注意的地方是，栽培基质必须选质如豌豆状大小的砾石或者陶粒，这些基质滤化效果好，不会出现过滤超载而影响水循环，不宜用普通无土栽培的珍珠岩、蛭石或废菌糠基质，这些基质因排水不好而容易导致系统的生态平衡破坏。
鱼菜共生系统的基本情况
鱼菜共生系统，对于普通人而言。理解的就是鱼和蔬菜生存在同一个环境，而实际并非如此。鱼菜共生系统是一项非常严谨的系统，简单点讲鱼菜共生系统分为三个区域水产养殖区域、蔬菜种植区域和过滤区域，不过鱼菜共生系统的核l心就是过滤区域，它主要包含循环过滤增氧系统、微生物硝化系统、蔬菜种植系统 。三个系统在整个鱼菜共生系统必须达到均衡，不然鱼菜共生就很难实施。
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